Güncel Patoloji Dergisi
2018, Cilt 2, Ek Sayı
EPS519(651 - Ankara ütf patoloji anabilimdalı akciğer karsinomlarında yeni nesil ve sanger dizileme sonuçlarının karşılaştırılması
Pulmoner Patoloji
1 Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Ad
AMAÇ: İleri evre küçük hücreli dışı akciğer kanserinde (KHDAK) beklenen yaşam süresi yaklaşık 1 yıldır. Güncel kılavuzlar adenokarsinomalarda tedavi hedefi olabilecek sürücü mutasyonların saptanması için moleküler testlerin yapılmasını önermektedir. Önerilen yol, olguların tümünde EGFR mutasyonu, ALK ve ROS1 rearranjmanlarının araştırılması; bunların negatif bulunması halinde KRAS, BRAF ve ERBB2 mutasyonu, MET amplifikasyonu ve RET rearranjmanının araştırılmasıdır. İncelenmesi gereken mutasyonlar arttıkça geçen zaman ve maliyet artmakta ve tümör dokusu azalmaktadır. Bu nedenle çok sayıda geni aynı anda tarayabilen; düşük allel frekanslarında varyantları da saptayabilen yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu noktada yeni nesil dizileme (YND) giderek daha çok tercih edilmeye başlanmış olup, bu bildiri ile KHDAK?da YND deneyimimizin paylaşılması ve Sanger dizileme ile karşılaştırılması amaçlanmıştır.
GEREÇ-YÖNTEM: YND yöntemi ile mutasyon analizi yapılmış 89 KHDAK olgusunun verileri analiz edilmiş ve bu veriler daha önce bölümümüzde 600 vaka üzerinden Sanger dizileme ile yapılmış EGFR mutasyon analizi sonuçları ve literatür ile karşılaştırılmıştır.
BULGULAR:
Sanger dizilemede %20 kadar olan test duyarlılığı, YND ile %5 altına indiğinden, Sanger ile %14 olan EGFR mutasyon oranı %22?ye çıkmıştır.
89 hastanın 34?ünde (%38) kılavuzlarda bakılması önerilen genlerde toplam 39 mutasyon tespit edilmiştir. Bu mutasyonlar sırasıyla EGFR (%62) KRAS (%23) ve BRAF (%15) mutasyonlarıdır. (Mevcut yöntem ile rearanjman ve amplifikasyon bakılamadığından mevcut dağılımda MET, RET, ERBB2, ALK ve ROS mevcut değildir. )
PIK3CA mutasyonunun 2 olguda EGFR, 1 vakada BRAF mutasyonuna eşlik ettiği saptanmıştır.
Analiz başarısı ele alınacak olursa, Sanger dizileme ile yapılan çalışmada analiz başarısı % 83 iken ; bu seride, DNA yetersizliği nedeni ile dizileme yapılamayan olgu izlenmemiştir. Sanger dizilemede sitoloji materyallerinin daha iyi sonuç verdiği tespit edilmişken, YND?de bu fark ortadan kalkmıştır.
SONUÇ: YND ile analiz edilen gen ve exon bölge sayısı artmış, Sanger dizileme ile karşılaştırıldığında analiz başarısı ve mutasyon tespit oranı yükselmiştir. Anahtar Kelimeler : Küçük hücreli dışı akciğer karsinomu, Yeni nesil dizileme
AMAÇ: İleri evre küçük hücreli dışı akciğer kanserinde (KHDAK) beklenen yaşam süresi yaklaşık 1 yıldır. Güncel kılavuzlar adenokarsinomalarda tedavi hedefi olabilecek sürücü mutasyonların saptanması için moleküler testlerin yapılmasını önermektedir. Önerilen yol, olguların tümünde EGFR mutasyonu, ALK ve ROS1 rearranjmanlarının araştırılması; bunların negatif bulunması halinde KRAS, BRAF ve ERBB2 mutasyonu, MET amplifikasyonu ve RET rearranjmanının araştırılmasıdır. İncelenmesi gereken mutasyonlar arttıkça geçen zaman ve maliyet artmakta ve tümör dokusu azalmaktadır. Bu nedenle çok sayıda geni aynı anda tarayabilen; düşük allel frekanslarında varyantları da saptayabilen yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu noktada yeni nesil dizileme (YND) giderek daha çok tercih edilmeye başlanmış olup, bu bildiri ile KHDAK?da YND deneyimimizin paylaşılması ve Sanger dizileme ile karşılaştırılması amaçlanmıştır.
GEREÇ-YÖNTEM: YND yöntemi ile mutasyon analizi yapılmış 89 KHDAK olgusunun verileri analiz edilmiş ve bu veriler daha önce bölümümüzde 600 vaka üzerinden Sanger dizileme ile yapılmış EGFR mutasyon analizi sonuçları ve literatür ile karşılaştırılmıştır.
BULGULAR:
Sanger dizilemede %20 kadar olan test duyarlılığı, YND ile %5 altına indiğinden, Sanger ile %14 olan EGFR mutasyon oranı %22?ye çıkmıştır.
89 hastanın 34?ünde (%38) kılavuzlarda bakılması önerilen genlerde toplam 39 mutasyon tespit edilmiştir. Bu mutasyonlar sırasıyla EGFR (%62) KRAS (%23) ve BRAF (%15) mutasyonlarıdır. (Mevcut yöntem ile rearanjman ve amplifikasyon bakılamadığından mevcut dağılımda MET, RET, ERBB2, ALK ve ROS mevcut değildir. )
PIK3CA mutasyonunun 2 olguda EGFR, 1 vakada BRAF mutasyonuna eşlik ettiği saptanmıştır.
Analiz başarısı ele alınacak olursa, Sanger dizileme ile yapılan çalışmada analiz başarısı % 83 iken ; bu seride, DNA yetersizliği nedeni ile dizileme yapılamayan olgu izlenmemiştir. Sanger dizilemede sitoloji materyallerinin daha iyi sonuç verdiği tespit edilmişken, YND?de bu fark ortadan kalkmıştır.
SONUÇ: YND ile analiz edilen gen ve exon bölge sayısı artmış, Sanger dizileme ile karşılaştırıldığında analiz başarısı ve mutasyon tespit oranı yükselmiştir. Anahtar Kelimeler : Küçük hücreli dışı akciğer karsinomu, Yeni nesil dizileme